Zmiana ustawy o VAT, której weszła w życie w dniu 1 stycznia 2017 r. wprowadziła również zmiany dotyczące warunków powstania prawa do odliczenia podatku naliczonego. Do końca 2016 r. powstanie prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przy WNT, imporcie usług, oraz odwrotnych obciążeniach było, co do zasady, uzależnione od prawidłowego rozliczenia podatku należnego od tych transakcji.
Znowelizowanie treści art. 86 ust. 10b pkt 2 lit. b i pkt 3 ustawy o VAT od stycznia 2017 r. oraz dodanie nowego ust. 10i w art. 86 tej ustawy spowodowało, że prawo do odliczenia podatku od ww. transakcji jest uzależnione od obowiązku rozliczenia podatku należnego od tych transakcji za miesiąc, w którym powstał obowiązek podatkowy, jednak rozliczenie to musi nastąpić najpóźniej w terminie trzech miesięcy od końca miesiąca, w którym w odniesieniu do nabytych towarów i usług powstał obowiązek podatkowy.
Jeżeli obowiązek podatkowy z tytułu zakupu stali na terytorium kraju według „starych” przepisów powstał np. w marcu 2016 r., to według „starych” przepisów podatnik miał możliwość odliczenia podatku od tej transakcji w momencie, w którym ujął prawidłowo podatek należny. Podatnik nie był ograniczony czasowo odnośnie rozliczenia podatku należnego od odwrotnego obciążenia. Mógł rozliczyć podatek należny i automatycznie podatek naliczony w rozliczeniu za marzec 2016 r. nawet gdyby dopiero w grudniu 2016 r. stwierdził nierozliczenie takiej marcowej transakcji.
W 2017 r. u podatnika, u którego obowiązek podatkowy z tytułu importu usług powstanie np. w marcu 2017 r., to według zmienionych od stycznia 2017 r. przepisów podatnik będzie miał możliwość odliczenia podatku od tej transakcji w momencie, w którym ujmie prawidłowo podatek należny (tj. za marzec 2017 r.), o ile podatek należny zostanie wykazany w deklaracji nie później niż w terminie trzech miesięcy od końca miesiąca w którym powstał obowiązek podatkowy. Jeśli więc podatnik rozliczy podatek należy do końca czerwca 2017 r. (poprzez korektę marca 2017 r.) będzie miał również możliwość odliczenia podatku naliczonego za ten sam okres rozliczeniowy, tj. marzec. Jeśli podatnik nie zdąży z rozliczeniem podatku należnego za marzec 2017 r. poprzez korektę deklaracji dokonaną najpóźniej do końca czerwca 2017 r., będzie zobowiązany ująć podatek należny od tej transakcji w rozliczeniu za marzec 2017 r. natomiast podatek naliczony rozliczy „na bieżąco”, tj. w rozliczeniu za okres, w odniesieniu do którego nie upłynął jeszcze termin do złożenia deklaracji podatkowej.
Jeżeli podatnik w rozliczeniu za ww. wskazany miesiąc, tj. marzec wykazał zobowiązanie podatkowe albo nadwyżkę podatku naliczonego do zwrotu, który to zwrot podatnik otrzymał, to spowoduje to powstanie odsetek od zaległości podatkowej, która powstała w rozliczeniu za marzec od dnia upływu terminu zapłaty zobowiązania podatkowego (25 kwietnia), albo (w sytuacji wykazania nadwyżki podatku do zwrotu) od dnia zwrotu kwoty podatku przez urząd skarbowy, do dnia zapłaty zaległości podatkowej.
Porównując tę sytuację do przykładu z 2016 r., wykazanie w grudniu 2017 r. podatku należnego od transakcji z marca 2017 r. spowoduje korektę rozliczenia marca 2017 r. odsetki od 26 marca 2017 r. do dnia wpłaty zaległości, tj. do grudnia 2017 r. oraz możliwość zwiększenia podatku naliczonego za listopad 2017 r., o ile nie minął termin do złożenia deklaracji za listopad 2017 r., a jeśli minął ten termin, to ujęcie tego podatku naliczonego od transakcji odwrotnego obciążenia z marca 2017 r. w rozliczeniu za grudzień 2017 r.
Ministerstwo Finansów uzasadniło tę zmianę tym, że: „wprowadzenie powyższego doprecyzowania jest uzasadnione występowaniem nieprawidłowości w deklarowaniu przez niektóre podmioty wewnątrzwspólnotowych nabyć towarów i innych transakcji, w których co do zasady podatek należny równy jest podatkowi naliczonemu. Proponowana zmiana pozwoli sprawniej kontrolować takie obszary jak handel wewnątrzwspólnotowy, czy krajowe odwrócone obciążenie w VAT” – uzasadnienie projektu ustawy o zmianie ustawy o VAT, druk sejmowy nr 965. Trudno z tą argumentacją się zgodzić, w sytuacji, gdy podatnik posiadając pełne prawo do odliczenia podatku naliczonego (tak jest w większości przypadków), nie rozliczając podatku należnego nie odlicza również podatku naliczonego. Nie dochodzi więc do ewentualnego nadużycia w postaci wyższego odliczenia podatku niż podatku wykazanego do zapłaty.
Nieterminowość rozliczeń, nierzadko niezamierzona – wobec braku informacji o dokonanych transakcjach, będzie skutkowała późniejszym terminem odliczenia podatku, zwiększeniem podatku należnego do wpłaty oraz ewentualnymi odsetkami od zaległości podatkowej wobec niewykazania podatku należnego, który od nowego roku nie zawsze od razu przekształci się w podatek naliczony za ten sam okres rozliczeniowy.
Sankcjonowane odsetkami będą nie tylko transakcje, których podatnik w ogóle nie wykazał w deklaracji, lecz także takie, a może przede wszystkim takie, które zostały rozliczone przez podatnika, jednak rozliczenie to zostanie dokonane w nieprawidłowym okresie rozliczeniowym. Przykładem tego może być ujęcie transakcji WNT z datą wystawienia przez podatnika UE faktury zaliczkowej, podczas gdy organy skarbowe twierdzą (a z czym, nie tylko ja, się nie zgadzam), że taka faktura nie wywołuje skutku w postaci obowiązku podatkowego z tytułu WNT.
Dodać należy, że powyższa zmiana przepisów jest sprzeczna z treścią art. 179 akapit pierwszy w związku z art. 178 dyrektywy 2006/112 i stanowi naruszenie podstawowej zasady obowiązującej w VAT – zasady neutralności podatkowej, przejawem naruszenia której w takiej sytuacji będą odsetki podatkowe.