Wprowadzenie nowego JPK_VAT zostało przyjęte ustawą z dnia 4 lipca 2019 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz niektórych innych ustaw (Dz.U. z 2019, poz. 1520).
W związku z nadzwyczajną sytuacją w kraju związaną z epidemią wirusa Ministerstwo Finansów i zaplanowało przesunięcie większości najbliższych terminów, w których miały wejść w życie zmiany w podatku VAT. Rozwiązania jakie przyjęto likwidują miesięczne i kwartalne deklaracje VAT dla podatników VAT czynnych, w ich miejsce wprowadzany jest obowiązek przesyłania deklaracji i ewidencji w formie ustrukturyzowanej, tj. zgodnej ze wzorem dostępnym na stronach internetowych Ministerstwa Finansów w postaci nowego pliku JPK_VAT.
Powyższa ustawa wprowadzała dwa terminy wejścia w życie nowej struktury ewidencji i deklaracji VAT. Od 1 kwietnia 2020 r. nowa struktura miała być obowiązkowa dla dużych podatników. Dla pozostałych podmiotów, tj. mikro, małych i średnich przedsiębiorców, a także dla podmiotów publicznych nowy JPK_VAT miał być obowiązkowy od 1 lipca 2020 r.
Ustawą z dnia 31 marca 2020 r. o zmianie ustawy o szczególnych rozwiązaniach związanych z zapobieganiem, przeciwdziałaniem i zwalczaniem COVID-19, innych chorób zakaźnych oraz wywołanych nimi sytuacji kryzysowych oraz niektórych innych ustaw (Dz.U. 2020, poz. 568) ustawodawca na podstawie art. 58 tej ustawy przesunął termin wejścia w życie nowego JPK_VAT dla dużych przedsiębiorców z 1 kwietnia 2020 r. na 1 lipca 2020 r., nie dokonując zmian w zakresie terminu dla pozostałych podatników VAT.
W wyniku wniosków jakie płynęły do Ministerstwa Finansów od przedsiębiorców, stowarzyszeń księgowych, a także stowarzyszeń przedsiębiorców o odroczenie wprowadzenia nowego JPK_VAT dla wszystkich podatników o kolejne miesiące, z sugerowanym terminem 1 stycznia 2021 r., Ministerstwo Finansów uległo wpływowi podatników i w procedowanej w Sejmie ustawie o dopłatach do oprocentowania kredytów bankowych udzielanych na zapewnienie płynności finansowej przedsiębiorcom dotkniętym skutkami COVID-19 (druk sejmowy nr 382) w art. 71 tej ustawy wprowadziło przepis przesuwający termin wejścia w życie nowego pliku JPK_VAT dla wszystkich podatników z 1 lipca 2020 r. na 1 października 2020 r.
Ustawa została uchwalona w dniu 4 czerwca 2020 r., a następnie została przekazana do Senatu. Jeżeli nie zajdą wyjątkowe okoliczności wszyscy czynni podatnicy podatku VAT (mikro, mali, średni i duzi podatnicy, w tym podmioty publiczne) będą zobowiązani do przekazywania nowego pliku JPK_VAT do Ministerstwa Finansów dopiero od rozliczenia za październik 2020 r.